申请软件著作权的程序：

1、在中国版权保护中心的网站按要求填写的软件著作权登记申请表;

2、提交软件的鉴别材料;

3、提交相关的证明文件;

4、著作权登记文件初步审查通过后，版权保护中心会受理;

5、版权保护中心根据规定进行审查。

法律依据：

《《计算机软件著作权登记办法》》第九条

申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：

(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;

(二)软件的鉴别材料;

(三)相关的证明文件。